Fastp：高效的多功能FASTQ预处理工具（包括质控、适配器去除、过滤等）

简介：
Fastp是一款高性能的命令行工具，专为高效处理大规模测序数据而设计。它集成了多种功能，如质量控制、适配器移除和读段过滤等，旨在提升下一代测序数据分析的速度与准确性。 一种工具旨在为FastQ文件提供快速的多合一预处理。该工具采用C++开发，并支持多线程以确保高性能。 功能包括： - 从STDIN输入存储未配对的PE数据读取。 - 存储过滤失败的读取。 - 处理部分数据，避免覆盖现有文件。 - 将输出拆分为多个文件以便于并行处理和合并PE读取。 - 提供质量、长度及低复杂度等多类型的过滤器，并支持适配器使用。 该工具还具备以下特性： - 按照质量得分切割每次阅读； - 对PE数据进行基础校正以及整体修剪，包括polyG尾部和polyX尾部的处理。 - 处理唯一分子识别码（UMI）并提供示例输出分割功能。 - 通过限制文件数量或每个文件中的行数来拆分过度代表序列，并分析合并配对末端读取的所有选项。 此外，该工具还具备在过滤数据前后的全面质量评估能力，包括但不限于以下方面： - 质量曲线、基本含量（如A, C, G, T）、KMER等信息； - Q20/Q30比例以及GC比率分析。 - 识别重复序列和衔接子含量，并据此进行错误读数的过滤。 总之，这款工具旨在为FastQ文件提供全面且高效的预处理方案。