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Drosophila DBN项目-MATLAB代码(DBNmatlab)

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简介:
简介:Drosophila DBN项目利用MATLAB开发的DBNmatlab代码库,专注于果蝇神经网络模型的研究与应用,提供深度信念网络(DBN)在遗传学领域的创新解决方案。 本段落介绍了一种新的动态贝叶斯网络方法(DBN),用于从时空表达数据推断基因调控网络,这是生物学中的一个重要问题。我们通过使用果蝇缺口基因的问题来进行基准测试,并展示了该模型能够现实地推断出高质量的基因调控网络和模拟结果的能力。 文中提出的方法解决了当前与时空基因推断相关的实际问题,例如计算时间和参数脆弱性等挑战。我们的方法可以在现代笔记本电脑上于10-15秒内计算出基因调控网络,有效消除了这些障碍,并允许将来处理更大规模的问题。此外,该模型不仅能生成基因调控矩阵,还能产生高质量的空缺基因激活水平模拟。 不同于许多现有的竞争性表述方式,我们提出的方法本质上是概率性的,支持统计推断。最后,通过贝叶斯统计方法对所提议的网络拓扑结构和调节权重进行了稳健性测试。

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  • Drosophila DBN-MATLAB(DBNmatlab)
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    简介:Drosophila DBN项目利用MATLAB开发的DBNmatlab代码库,专注于果蝇神经网络模型的研究与应用,提供深度信念网络(DBN)在遗传学领域的创新解决方案。 本段落介绍了一种新的动态贝叶斯网络方法(DBN),用于从时空表达数据推断基因调控网络,这是生物学中的一个重要问题。我们通过使用果蝇缺口基因的问题来进行基准测试,并展示了该模型能够现实地推断出高质量的基因调控网络和模拟结果的能力。 文中提出的方法解决了当前与时空基因推断相关的实际问题,例如计算时间和参数脆弱性等挑战。我们的方法可以在现代笔记本电脑上于10-15秒内计算出基因调控网络,有效消除了这些障碍,并允许将来处理更大规模的问题。此外,该模型不仅能生成基因调控矩阵,还能产生高质量的空缺基因激活水平模拟。 不同于许多现有的竞争性表述方式,我们提出的方法本质上是概率性的,支持统计推断。最后,通过贝叶斯统计方法对所提议的网络拓扑结构和调节权重进行了稳健性测试。
  • DBNMatlab-FDIA_DBN: MATLAB版本的
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    FDIA_DBN 是一个基于MATLAB实现的深度信念网络(DBN)工具包,专为故障检测、隔离和预报设计,适用于各类数据驱动的工业应用。 FDIA_DBN是用于基准算法和攻击算法的dbnmatlab代码。
  • DBN-MATLAB-Sentiment_Analysis:此对比了三种深度学习方法(LSTM、DBN和DELM)的准确率...
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    本项目在MATLAB平台上利用DBN等三种深度学习模型进行情感分析,旨在比较LSTM、DBN及DELM的技术优劣与准确性。 dbnmatlab代码自述文件 作者:tanh丽媛 项目名:情绪分析 用途:用于情感分析的深度神经网络方法 软件环境: - Jupyter Notebook - MATLAB R2019a(任何版本都可以使用) 版本控制:Python 3.6 所需库: - Numpy 1.14.3 - Pandas 0.23.0 - Python正则表达式运算 2.2.1 - 自然语言工具包 3.3 - Sklearn 0.19.1 - Keras 2.2.4(任何版本都可以使用) 贡献者: 感谢albertbup提供了深度信任网络的源代码。 感谢新加坡南洋理工大学的黄光斌教授提供深度极限学习机的源代码。 数据集:从Kaggle下载 设置 从master分支下载该代码,作为sentiment_analysis-master.zip。 解压缩sentiment_analysis-master.zip,打开文件夹,应该有“DBN”文件夹,“DELM”文件夹,“LSTM”文件夹和“numpy_to_matlab”文件夹。访问下载名为“输入”的数据集文件夹。将“输入”文件夹放入“LSTM”文件夹、“DBN”文件夹以及“nump”。
  • DBNMatlab-Deep-Learning: 深度学习
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    这段GitHub仓库包含了用于深度学习研究的DBN(深层信念网络)的Matlab实现代码,适用于对深度学习感兴趣的开发者和研究人员。 深度学习是机器学习的一个重要领域,它通过使用多个隐藏层来对数据的高级表示进行建模。受限玻尔兹曼机(RBM)被开发出来用于建模输入数据分布,并作为特征提取器应用于各种分类算法中。深度信念网络(DBN)是由若干RBMs堆叠而成的一种结构,在贪婪预训练之后,这些RBMs可以初始化一个多层神经网络,然后通过反向传播进行微调。 在这一过程中,我们可以通过添加一个名为“分级RBM(ClassRBM)”的输出层到隐藏层之上来修改受限玻尔兹曼机。这个新架构能够同时对输入分布及其类别标签建模,并作为一种监督学习结构独立地执行分类任务。 在这项研究中,我们将ClassRBM作为顶层应用于深度信念网络,在无监督模式下进行贪婪预训练后对其进行微调,从而获得了比传统DBN更高的准确率。我们认为这种性能的提升源于预先对RBM堆栈和输出层之间权重的训练,这些权重在之前的随机初始化阶段用于后续的微调过程。
  • Python DBN
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    本段Python代码实现了一种深度信念网络(DBN)的应用示例,展示了如何使用Python进行高级机器学习模型的构建与训练。 **Python DBN(深度信念网络)详解** 深度信念网络(Deep Belief Network, DBN)是一种基于概率模型的深度学习架构。它由多个受限玻尔兹曼机(Restricted Boltzmann Machines, RBMs)层堆叠而成,在Python中实现DBN需要理解RBM的基本原理、DBN的构建过程以及如何进行训练和应用。 ### RBM基础知识 1. **受限玻尔兹曼机(RBMs)**:RBMs是二元随机变量的图模型,每个节点可以处于激活或非激活状态。它们具有可见层和隐藏层,并且只有同层之间的节点间没有连接。通过学习数据集中的特征分布,RBMs能够捕获输入数据的潜在结构。 2. **能量函数**:RBMs的能量函数用于计算当前状态下系统的能量,其形式为: \(E(v,h) = -\sum_{i}b_i v_i - \sum_{j}c_j h_j - \sum_{i,j}v_i W_{ij} h_j\), 其中\(v\)和\(h\)分别代表可见层和隐藏层的向量,\(b_i\)和\(c_j\)是偏置项,\(W_{ij}\)是权重矩阵。 3. **训练过程**:RBMs通常使用Contrastive Divergence (CD-k) 算法进行训练。通过正向传播和反向传播交替更新权重来近似最大化似然函数。 ### DBN的构建与训练 1. **逐层预训练**:在构建DBN时,首先对每一层RBM进行独立预训练,通过优化每一层的权重形成一系列RBMs。 2. **上下层连接**:完成所有单个RBM的预训练后,将这些RBMs串联起来,上一层隐藏单元作为下一层可见单元。 3. **微调阶段**:在所有的层被链接之后可以使用反向传播算法或梯度下降法对整个网络进行全局调整以进一步优化权重。 ### Python实现DBN Python中可以通过一些现有的库如`deep-learning-lib`或者`pydbn`来构建和训练DBNs。以下是基本步骤概述: 1. **安装依赖**:确保已安装必要的库,例如numpy, scikit-learn以及特定的DBN库。 2. **数据预处理**:将输入数据归一化或标准化以更好地适应模型。 3. **创建DBN结构**:根据需求设置网络层数、每层神经元数量及训练参数(如学习率和迭代次数)等信息。 4. **逐层预训练**:使用预先定义的训练数据对每一层RBM进行单独预训练。 5. **连接与微调**:将所有预训练好的RBMs链接起来,然后通过全局调整优化整个网络权重。 6. **评估与应用**:模型完成训练后可以利用测试集来评价其性能或将其应用于分类、回归等任务中。 ### 示例代码 ```python from pydbn.dbn import DBN from sklearn.datasets import load_iris from sklearn.preprocessing import StandardScaler # 数据加载及预处理 data = load_iris() X, y = data.data, data.target scaler = StandardScaler().fit(X) X_scaled = scaler.transform(X) # 创建DBN模型并设置参数 dbn_model = DBN([4, 100, 50], learn_rates=0.3, n_epochs=10, verbose=True) # 实施逐层预训练和微调过程 dbn_model.pretrain(X_scaled) dbn_model.finetune((X_scaled, y), n_epochs=10) # 预测结果的生成 predictions = dbn_model.predict(X_scaled) ``` 以上代码展示了如何使用`pydbn`库创建两层DBN模型,进行预训练和微调,并执行预测任务。实际应用中应根据具体问题调整参数,并进行全面性能评估。 Python中的DBN实现涉及RBM的学习、网络的构建与训练以及对复杂数据集的强大建模能力。理解RBMs的工作原理及DBNs的构造流程有助于有效利用Python库搭建并训练深度信念网络,从而解决各种机器学习挑战。
  • DBNMatlab-Neural_Network:基于MATLAB的神经网络实现(包括RBM、DBN和DNN)
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    本项目致力于使用MATLAB语言实现深度学习中的经典模型,如受限玻尔兹曼机(RBM)、深度信念网络(DBN)及深层神经网络(DNN),为研究与应用提供强大工具。 在该项目中使用MATLAB(RBM, DBN, DNN)实现神经网络:首先实现了受限玻尔兹曼机(RBM),这是一种生成型随机人工神经网络,能够学习输入数据集的概率分布。接着,实现了深度信念网络(DBN),这是一个由多层潜在变量组成的生成图形模型或一种类型的深层神经网络,在这些层级中存在连接但各内部层级之间没有直接的相互联系。最后,从这两种实现中构建了深度神经网络,并使用MNIST数据集来测试该DNN。 MATLAB代码能够将“脚本”转换为CSV文件,用于通过R绘制一些精美的图。整个项目分为三个部分:第一部分涉及RBM学习及生成字母数字图像;第二部分是DBN的学习过程以及从其生成的字母数字图像;第三部分则是深度神经网络(DNN)的预训练阶段,并比较了预训练后的DNN与随机初始化的DNN在错误率上的差异。
  • DBNMatlab-Neural_Network:基于MATLAB的神经网络实现(包括RBM、DBN和DNN)
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    本项目提供了一套基于MATLAB的神经网络实现方案,涵盖受限玻尔兹曼机(RBM)、深度信念网络(DBN)及深层神经网络(DNN),助力科研与工程应用。 在该项目中使用MATLAB(RBM, DBN, DNN)代码实施神经网络:受限玻尔兹曼机(RBM)是一种生成型随机人工神经网络,能够学习输入数据集上的概率分布。接着实现深度信念网络(DBN),这是一种由多层潜在变量组成的生成图形模型或一类深层神经网络,各层之间存在连接但内部每层没有相互连接。最后,在前两部分的基础上实现了深度神经网络,并使用MNIST数据集来测试DNN的性能。 该项目中的MATLAB代码从“脚本”生成CSV文件,用于用R绘制一些精美的图表。整个项目分为三个主要步骤:第一部分是通过RBM进行学习并生成图像;第二部分则是利用DBN进行训练和图像生成;第三部分则是在预训练DNN与随机初始化的DNN之间比较错误率。
  • 张量投票的MATLAB-
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    本项目提供了一套用于实现张量投票算法的MATLAB代码,旨在增强图像中的几何结构信息和进行形状恢复。适合计算机视觉与模式识别领域的研究者使用。 张量投票MATLAB代码脑电处理工具箱是作为欧盟资助的研究项目的一部分发布的,旨在支持EEG信号的实验。该软件采用模块化架构,使得用户能够以最少的代码调整快速执行不同配置的实验。其实验管道主要由Experimenter类构成,它充当另外五个底层部分的包装器: - Session对象:用于加载数据集,并根据实验期间呈现SSVEP刺激的时间段对信号进行分段。同时,信号部分也会根据刺激频率用标签标注。 - 预处理对象:包括修改原始EEG信号的方法。 - 特征提取对象:执行特征提取算法以从EEG信号中抽取数值特征。 - 特征选择对象:负责在上一步骤中提取的最重要的特征的选择过程。 - 分类对象:训练用于预测未知样本标签的分类模型。 某些类的使用可能会受到特定要求或限制。预处理部分需要FastICA库,而费舍尔和盛宴(FEAST)则分别依赖于它们各自的专用库。对于分类模块,L1MCCA需要张量工具箱的支持;LIBSVMFast也需相应库支持;MLTbox适用于多类任务。
  • 基于LBP-DBN的人脸识别Matlab
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    本项目提供了一套基于局部二值模式(LBP)和深度信念网络(DBN)的人脸识别系统Matlab实现代码,旨在提高人脸识别精度。 此程序采用DBN(深度信念网络)算法进行人脸识别,并使用ORL数据库作为训练数据。当迭代次数达到3000次时,识别准确率约为98%。 该程序利用局部二值模式(LBP)提取面部特征,并提供了绘制学习曲线的功能,可以展示正则参数、隐层节点数量及训练样本数对模型性能的影响。 DBN由多个RBM(受限玻尔兹曼机)组成,在此程序中构建了四层网络结构:输入层-隐藏层1-隐藏层2-输出层。DBN的训练过程分为两步,首先使用RBM的方法进行预训练以获取初始参数值,并以此初始化整个网络;接着通过BP(反向传播)算法微调模型。 神经网络中的权重更新采用matlab内置函数fmincg实现,这需要先定义相应的代价函数nnCostFunction。感谢该程序的作者,此项目具有很高的参考价值,建议深入学习研究。 请注意根据实际情况修改程序中涉及的一些图片路径设置。
  • DBN应用】利用DBN进行变压器故障诊断含MATLAB.zip
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    本资源提供基于深度置信网络(DBN)的变压器故障诊断方法及其实现代码,采用MATLAB编写。适合电力系统研究人员和技术人员学习参考。 基于DBN实现变压器故障诊断附matlab代码