cif2POSCAR_Direct.sh修订版 是一个经过优化和改进的脚本版本,用于直接从CIF文件生成VASP计算所需的POSCAR文件,提高了转换效率与准确性。
编写一个shell脚本用于将cif文件批量转换为分数坐标的POSCAR文件,并将其与cif文件放在同一目录下执行。
首先,请确保已安装必要的软件包如`pymatgen`,可以使用pip进行安装:
```
pip install pymatgen
```
接下来是具体的shell脚本内容:
```bash
#!/bin/bash
# 读取当前目录下的所有.cif 文件名,并将其传递给循环处理逻辑。
for cif in *.cif; do
# 使用pymatgen库将每个.cif文件转换为POSCAR格式的分数坐标版本。输出重定向到同名但后缀名为.POSCAR的新文件中,例如:1234567890.cif -> 1234567890.POSCAR。
python -c from pymatgen.io.vasp import Poscar; from pymatgen.core.structure import Structure; s = Structure.from_file(\$cif\); p = Poscar(s, coords_are_cartesian=False); p.write_file($cif.replace(.cif, .POSCAR))
done
```
请将上述脚本保存为.sh文件,例如`convert_cifs_to_poscars.sh`。然后需要给该shell脚本执行权限:
```bash
chmod +x convert_cifs_to_poscars.sh
```
最后,在包含.cif文件的目录中运行此脚本来转换所有cif到分数坐标的POSCAR格式。
```bash
./convert_cifs_to_poscars.sh
```