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RelayNet_PyTorch: 基于PyTorch的视网膜OCT层分割实现(含预训练模型)

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简介:
RelayNet_PyTorch是一个基于PyTorch框架构建的项目,专注于视网膜光学相干断层扫描(OCT)图像的层次自动分割。该项目提供了详细的文档和预训练模型,以帮助用户快速上手使用,并促进了医学影像分析领域的研究和发展。 ReLayNet的PyTorch实施由Abhijit Guha Roy和Shayan Siddiqui编写。代码中仍然存在一些错误和问题,我们正在努力修复它们。 如果您出于任何学术目的使用此代码,请引用: A. Guha Roy, S. Conjeti, SPKKarri, D.Sheet, A.Katouzian, C.Wachinger 和 N.Navab,“ReLayNet:使用完全卷积网络的黄斑光学相干层析成像的视网膜层和流体分割”,Biomed。选择。Express 8,3627-3642(2017) 希望您喜欢! :)

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  • RelayNet_PyTorch: PyTorchOCT
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    RelayNet_PyTorch是一个基于PyTorch框架构建的项目,专注于视网膜光学相干断层扫描(OCT)图像的层次自动分割。该项目提供了详细的文档和预训练模型,以帮助用户快速上手使用,并促进了医学影像分析领域的研究和发展。 ReLayNet的PyTorch实施由Abhijit Guha Roy和Shayan Siddiqui编写。代码中仍然存在一些错误和问题,我们正在努力修复它们。 如果您出于任何学术目的使用此代码,请引用: A. Guha Roy, S. Conjeti, SPKKarri, D.Sheet, A.Katouzian, C.Wachinger 和 N.Navab,“ReLayNet:使用完全卷积网络的黄斑光学相干层析成像的视网膜层和流体分割”,Biomed。选择。Express 8,3627-3642(2017) 希望您喜欢! :)
  • U-Net血管Pytorch
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    本项目采用Pytorch框架实现了基于U-Net的深度学习模型,专为视网膜血管自动分割设计,旨在提高眼底疾病诊断的准确性和效率。 代码适配数据集需要根据数据集的特点进行相应的调整和优化,确保程序能够高效准确地处理数据。这通常包括对算法的选择、参数的调优以及可能的数据预处理步骤等。在开始编码之前,深入理解数据集的需求和限制是至关重要的。
  • MATLAB直方图裁剪代码-OCT-tools:用脉络OCT B扫描
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    这段代码是为使用MATLAB进行光学相干断层扫描(OCT)B扫描图像中脉络膜和视网膜层的精确分割而设计,提供详细的分层分析。 MATLAB裁剪直方图代码用于OCT工具,旨在从单个OCT B扫描图像中分割并分析视网膜层,重点在于计算脉络膜厚度。此代码由华盛顿大学的Sara Patterson开发。 使用方法如下:当所有图像都放在一个以数字命名的文件夹内时(例如1.png、2.png等),该代码运行效果最佳。经过处理和分析后的数据将以im1_、im2_等前缀保存。 若要比较同一只眼睛中的不同图像,首先需要将它们对齐。这可以通过alignImages.m函数实现,此函数会计算两个图像之间旋转所需的参数,并将其存储下来。完成分割后可以进一步确定沿X轴的平移量。 裁剪步骤:在OCT类中使用octImage属性返回经由特定角度旋转后的图像版本之后进行裁剪操作最为理想,在执行旋转处理后再裁减能取得更好的效果。MATLAB内置函数imcrop在此过程中非常有用。 用户可以在命令行输入ChoroidApp并选择所需分析的图像,或者直接将文件路径或OCT类作为第一个参数传递给该程序。 此外,代码还支持手动添加用于标记脉络膜-巩膜边界的控制点,并提供了一维直方图和峰谷检测功能以帮助更准确地定位这些边界。
  • U2Net:U2NetP.pth
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    U2NetP.pth是U2Net分割网络的预训练模型,适用于图像前景提取等任务,具有高效准确的特点。 https://github.com/NathanUA/U-2-Net工程的预训练模型u2netp.pth和u2net.pth已由作者上传。
  • PyTorchBERT中文文本类:
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    本项目采用PyTorch框架和BERT预训练模型进行中文文本分类任务,旨在展示如何利用深度学习技术高效地处理自然语言理解问题。 PyTorch的BERT中文文本分类此存储库包含用于中文文本分类的预训练BERT模型的PyTorch实现。代码结构如下: 在项目的根目录中: ├── pybert │ ├── callback │ │ ├── lrscheduler.py │ │ └── trainingmonitor.py │ └── config | | └── base.py #用于存储模型参数的配置文件 └── dataset └── io
  • CNN与改良图搜素算法OCT图像方法
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    本研究提出了一种结合卷积神经网络(CNN)和改进图搜索算法的方法,专门用于光学相干断层扫描(OCT)图像中视网膜层的精确自动分割。该技术能够有效提升视网膜疾病诊断与分析的准确性。 本段落提出了一种结合卷积神经网络(CNN)与改进图搜索方法来分割光学相干断层扫描成像(OCT)图像中的7个视网膜层边界的技术。首先,利用CNN自动提取每个边界的特征并训练相应的分类器,由此得到的每个边界的概率图作为后续分割操作的关注区域;其次,提出了一种在垂直梯度基础上增加横向约束的改进图搜索方法,在遇到血管阴影时可以允许分割线横向穿过这些阴影。实验中使用该方法对正常图像进行视网膜层边界分割,并将结果与传统图搜索方法和基于CNN的方法的结果进行了比较。结果显示,所提出的算法能够精确地分割7个视网膜层边界,平均误差为4.31±5.87微米。
  • PyTorch声纹识别(V1.0)
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    本项目为基于PyTorch框架开发的声纹识别预训练模型,旨在提供高效、准确的人声验证解决方案。版本1.0现已发布。 基于Pytorch实现的声纹识别预训练模型可以在GitHub上找到相关源码。该模型位于名为VoiceprintRecognition-Pytorch的仓库中的legacy分支里。
  • PyTorch中Python-MobileNetV3
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    本项目提供了一个基于PyTorch框架的MobileNetV3预训练模型,适用于移动端和嵌入式设备,旨在优化计算资源的同时保持高效的深度学习性能。 MobileNetV3的PyTorch实现提供了预训练模型。
  • 使用PyTorch加载特定
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    本教程介绍如何利用PyTorch框架加载预训练模型,并微调特定网络层以适应新的机器学习任务。适合中级开发者参考。 在PyTorch中使用预训练模型是深度学习中的常见做法,因为它们能利用大规模数据集预先学到的特征来提升性能。本段落将详细介绍如何加载预训练模型后仅针对特定层进行训练,这对于微调或迁移学习非常关键。 1. **加载预训练模型参数** 当您有一个已有的预训练模型文件(例如`Pretrained_Model.pth`),可以利用`torch.load()`函数读取其中的参数。然后创建一个新的模型结构,并使用`model.load_state_dict(pretrained_params.state_dict(), strict=False)`方法将这些预训练参数迁移到新模型中,这里设置为`strict=False`是为了允许不完全匹配的情况。 2. **指定层训练** 如果想要在加载了预训练模型后仅让某些特定的层参与训练,需要通过遍历`model.named_parameters()`来控制哪些参数可以更新。例如,若要冻结所有卷积层,则可以通过检查参数名称是否包含conv来进行设置: ```python for name, param in model.named_parameters(): if conv in name: param.requires_grad = False ``` 接着,在初始化优化器如`torch.optim.Adam()`时,只传递那些设置了`requires_grad=True`的参数。这样优化器只会更新这些可训练的参数。 3. **不同学习率** 在某些场景下,可能需要为模型的不同部分设置不同的学习速率。这可以通过向optimizer提供一个包含多个字典(每个字典定义一组参数和对应的学习速率)列表来实现: ```python encoder_params = [param for name, param in model.named_parameters() if encoder in name or viewer in name] decoder_params = [param for name, param in model.named_parameters() if decoder in name] optimizer = torch.optim.Adam([ {params: encoder_params, lr: 1e-6}, {params: decoder_params, lr: 1e-4} ], lr=1e-4, momentum=0.9) ``` 这样,`encoder`和`viewer`的参数将以较小的学习率(如1e-6)更新,而`decoder`则以较大的学习率(如1e-4)进行优化。 总结来说,通过灵活地控制哪些层参与训练以及它们各自的学习速率,在PyTorch中加载预训练模型并对其进行微调是可能的。这种方法在迁移学习、模型融合或调整性能时特别有用。根据具体任务和需求适当修改这些策略以获取最佳效果非常重要。
  • Yolov8-seg
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    简介:Yolov8-seg是一种先进的目标实例分割模型,基于流行的YOLOv8架构,并经过专门训练以实现高效准确的图像中对象边界框和像素级掩码预测。 YOLOv8-seg是基于YOLO(You Only Look Once)系列的深度学习模型,在目标检测的基础上增加了图像分割功能,专门用于实时处理复杂场景中的任务。它在保持了YOLO系列的速度优势的同时,提升了对物体轮廓和像素级别的精确识别能力。 该模型的核心在于结合目标检测与语义分割技术,不仅能定位出图像中的具体对象位置,还能进行细致的像素分类,并为每个像素分配类别标签。这种综合处理方式对于自动驾驶、机器人导航及医学影像分析等领域具有重要意义。 YOLOv8-seg提供了多种版本供用户选择:yolov8x-seg.pt(最大型)、yolov8l-seg.pt(大型)、yolov8m-seg.pt(中型)、yolov8s-seg.pt(小型)和 yolov8n-seg.pt。这些模型的性能与计算需求不同,用户可以根据自身硬件条件及应用场合选择合适的版本。 训练YOLOv8-seg通常需要大规模标注的数据集,如COCO、Cityscapes等,涵盖众多目标类别以及详细的像素级标签信息。通过反向传播算法调整网络参数以优化模型的预测精度。 在实际操作中,用户可以通过Python的PyTorch框架加载预训练权重文件,并利用API调用实现YOLOv8-seg的各项功能。根据具体的应用场景选择合适的版本能够更好地满足需求。 综上所述,YOLOv8-seg是当前计算机视觉领域的一个重要方向,在提供全面解决方案的同时兼顾了高性能和低功耗设备的使用要求。