
胰蛋白酶:硅基胰蛋白酶消化工具
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简介:
本工具采用硅基技术优化胰蛋白酶,用于高效、精确地进行蛋白质样品的酶解处理,适用于生物化学和分子生物学研究。
在计算机胰蛋白酶消化过程中:
用法:python trypsin.py --input input_filename --output output_filename --miss 1
笔记:
该脚本是在Python 2.7下编写的。
Biopython是先决条件。
此处共享的胰蛋白酶消化脚本遵循脯氨酸规则,这意味着如果脯氨酸(P)后接赖氨酸(K)或精氨酸(R),则不会进行剪切。
程序输出一个文本格式文件,该文件的第一列包含蛋白质ID,第二列包含相应的胰蛋白酶肽。
如何使用:
将您的fasta文件和此脚本复制到同一文件夹中。
打开命令终端并cd到该文件夹。
输入:python trypsin.py --input input_filename --output output_filename --miss 1
三个参数是:
-input:您的fasta文件的名称,其中包含要消化的内容。
-output:输出结果文件名。
-miss:允许漏切的数量,默认为1。
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