SNP_Calling_with_GATK

简介：
SNP_Calling_with_GATK介绍的是使用GATK（Genome Analysis Toolkit）进行单核苷酸多态性（SNP）检测的方法和技术，适用于遗传学和生物信息学研究。 SNP_calling_GATK 是运行 GATK 调用高质量 SNP 的逐步步骤，在集群上执行。该脚本是通过实施 Genome Analysis Toolkit (GATK) 构成的全基因组植物 SNP 调用管道的一部分。 此脚本的示例标头如下，它们期望跟随变量： - refDir = /work/02786/taslima/dbs/PH # 参考基因组文件所在的参考目录 - ref = PhalliiHAL_496_v2.0.softmasked.fa # 参考基因组文件的名称 - outDir = /scratch 请将您的查询发送给作者。