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BRATS方法支持材料已收集,用于在Docker容器中实现,该代码基于matlab图像分割肿瘤。

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简介:
matlab图像分割肿瘤代码,码头工人版本:0.1,作者:慕尼黑工业大学ChristophBerger。该文本为参考资料的扩展版本,可于此处查阅:简要介绍如下:我们致力于确保您的算法及其原始源代码均位于Docker容器内。我们计划在BraTS2016测试数据集上运行您的容器化算法,以评估分段结果并将其纳入BraTS14-16期刊手稿,同时通过即将推出的BraTS算法存储库提供所有贡献者的Docker容器镜像。请注意,您的源代码将不会进行公开分发,而是仅由BraTS组织者在内部使用,作为代码所有权的明确证明;如果您无法共享源代码,请立即与我们联系。您的算法必须具备生成肿瘤分割的能力,能够适应任何经过预处理的多模态脑部扫描,并模拟BraTS测试对象的行为。为了实现公平的比较评估以及衡量不同算法之间的性能差异,您应详细记录您在算法训练和/或设计过程中所使用的训练数据集。如果使用了私有数据集,请务必在相关描述中予以说明。为了最大程度地保证兼容性和便于分发,我们强烈建议采用Docker容器的方法进行代码部署。因此,我们期望您能够根据以下规范将可执行的代码打包到Docker容器中。通常情况下,代码的容器化过程是相对简单且直接的;后续我们将尽快提供更多信息。

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客服
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  • Matlab-Docker_BRATS:BRATS
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    这是一个基于Docker的项目,提供了使用MATLAB进行脑肿瘤(BRATS)图像自动分割的代码和资源。该项目旨在帮助研究人员轻松收集并应用必要的数据材料来实施先进的BRATS技术。 Matlab图像分割肿瘤代码版本:0.1作者:慕尼黑工业大学Christoph Berger 这是参考性文本的扩展版本。 简介: 我们希望您的算法及其原始源代码能够在Docker容器中运行。我们将使用BraTS2016测试数据集来评估并比较各个分段结果,这些结果将作为BraTS14-16期刊手稿的一部分,并通过即将到来的BraTS算法存储库提供所有贡献者的Docker容器。 您的源代码仅由组织者在内部用于证明代码所有权(如果您无法共享,请联系我们)。 您的算法应当能够在任何经过预处理的多模式脑部扫描中生成肿瘤分割,类似于对BraTS测试对象的操作。为了公平比较和评估不同算法之间的性能差异,您需要说明训练集及其使用情况,在私有数据集中也需要特别指出这些信息。 Docker容器: 为确保最大的兼容性和可分发性,我们希望采用Docker进行代码的容器化处理。因此,请根据以下要求将您的运行代码放入Docker容器中。通常情况下,这个过程是简单且直接的。我们将尽快提供进一步的信息和指导。
  • MATLAB-Setuvo: CT皮下
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    Setuvo是一款基于MATLAB开发的CT皮下肿瘤图像分割工具。该代码利用先进的算法精准识别并分离肿瘤区域,有助于医疗领域的诊断和治疗研究。 Matlab图像分割肿瘤代码Setuvo是一种从微计算机断层扫描(3D X射线)图像半自动分割临床前皮下肿瘤边界的算法。这显示了Setuvo生成的肿瘤分割结果的3D渲染图。描述Setuvo的主要论文是:“从微型计算机断层扫描图像中对皮下肿瘤进行半自动分割”,发表于《医学与生物学物理学》,2013年。 Matlab的主要应用程序位于“Main”文件夹中,首先阅读README.txt文件以了解更多信息。MEX代码则位于“Mex”文件夹内,在运行主程序之前可能需要先编译这些文件。
  • Matlab--:--
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    本项目提供基于MATLAB的肿瘤图像自动分割算法代码。利用先进的图像处理技术,精准提取医学影像中的肿瘤区域,为医生诊断提供有力支持。 MATLAB图像分割肿瘤代码是一个优秀的数据科学开源存储库,旨在帮助学习者解决现实世界中的问题。目录动机部分针对初学者设计,为他们提供了快速入门的途径。 首先回答两个基本问题:“什么是数据科学?”以及“我应该学什么来掌握它?”。简而言之,数据科学是当今计算机和互联网领域中最热门的话题之一。人们从各种应用程序和系统中收集大量信息,现在正处在分析这些数据的关键时期。下一步是从数据分析中提出建议并创建对未来趋势的预测。 DataScience(无需链接)提供了许多问题及其专家解答供参考学习。其次,在进行#DataScience时,Python是当前最受欢迎的语言选择之一。Python拥有强大的库支持来处理各种数据收集和分析任务,并且可以用来开发应用程序。 另外提供了一张信息图预览描述了如何通过八个步骤成为一位合格的数据科学家的直观指南以及所需技能的思维导图(无需链接)。斯瓦米·钱德拉塞卡兰的文章摘自《伯克利科学评论》。文章还讨论了数据科学研究中R与Python的选择,统计或机器学习技术的应用,并介绍了当前从事该行业的人员情况和行业趋势。 请注意,在重写过程中已删除所有非必要联系信息和其他外部链接以确保内容的简洁性及专注度。
  • :利MATLABMRI识别
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    本项目运用MATLAB软件,在磁共振成像(MRI)数据上开发算法,实现对脑部肿瘤的有效分割与精准定位。 图像分割可以通过多种方法实现,包括阈值、区域生长、流域以及等高线技术。这些传统的方法存在一些局限性,但新提出的技术可以有效克服这些问题。 在处理肿瘤相关的信息提取过程中,首先需要进行预处理步骤:移除头骨以外的无用部分,并应用各向异性扩散滤波器来减少MRI图像中的噪声。接下来使用快速边界盒(FBB)算法,在MRI图像上标记出肿瘤区域并框选出来。然后选取这些被标注为边界的点作为样本,用于训练一类支持向量机(SVM)分类器。 最终通过SVM对边界进行精确的分类处理,从而实现有效提取和识别肿瘤的目的。
  • Matlab - Brain-Tumor-Detector: 脑检测
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    Brain-Tumor-Detector 是一个使用 MATLAB 编写的项目,专注于开发脑肿瘤图像自动分割技术。该项目旨在通过先进的图像处理和机器学习算法提高脑部病变的诊断效率与准确性。 脑细胞中的异常生长会导致脑瘤的形成。为了挽救患者的生命,在疾病早期阶段检测出肿瘤至关重要。目前,对MRI图像进行分割已经成为医学领域的关键任务之一。本项目定义了几种不同的方法,并提供了相应的MATLAB代码来实现这一目标。 图像分割指的是根据特定的应用需求将图像划分为有意义区域的过程,这通常包括基于像素强度的提取和分组操作。可以采用多种技术来进行图像分割,例如阈值化、区域增长以及轮廓分析等手段。 在本项目中,我们通过应用这些方法对肿瘤部分进行了精确地识别,并进一步利用支持向量机将检测到的脑瘤分类为良性或恶性肿瘤。
  • MATLAB—高级3D脑示例...
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    本项目提供基于MATLAB的高级3D脑肿瘤图像分割代码,采用先进的图像处理技术,实现对复杂脑部结构中肿瘤区域的精准识别与分离。 此存储库使用基于产品示例的代码“使用深度学习进行3-D脑肿瘤分割”。该示例采用BRaTS数据集,这是一个包含四个通道或模态的大脑体积表示的数据集。这里的高级示例如何实现是与弗莱堡大学研究团队合作的结果,并且这些例子是根据具有七种模式头颈数据集的论文开发出来的。 这项工作之后是在NVIDIA GTC会议上的演讲,题目为“使用MATLAB从桌面到云端扩展您的深度学习研究:为头颈部肿瘤分割实施多个AI实验”,重点展示了如何利用该工具进行一些高级功能。本存储库将包含我提供的代码和一个博客以更详细地介绍相关工作。 在ParameterSweepingWithExpMgr中,我们修改了大脑分段的代码来展示如何使用ExperimentManagerApp来进行一次留一法分析以及贝叶斯优化(用于确定超参数)。
  • Matlab - Brain-Tumor-Extraction: 使MATLAB从MRI提取
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    本项目使用MATLAB开发,专注于自动从MRI影像数据集中精确分离脑部肿瘤区域。通过优化算法提高医学图像处理效率与准确性,为临床诊断提供有力支持。 在医学领域中使用MATLAB从MRI图像中提取脑肿瘤是一项至关重要的工作。随着受肿瘤影响的人数增加以及各种因素如生活习惯与环境污染的影响加剧,鉴定并定位肿瘤的需求日益增长。然而,由于需要深厚的人体解剖学知识和大量时间投入,这一过程变得十分复杂。 本项目旨在介绍一种策略,用于检测及从MRI图像中提取脑部的肿瘤。该方法结合了分割技术和形态学运算的概念,并利用MATLAB软件实现。我们的目标是开发出一个能够在较短时间内提供结果的有效程序。 为了运行代码,请在MATLAB环境中打开主驱动程序文件(code.m),并根据需要更改输入图像目录,例如: I=imread(工作目录\file_name.jpg); 此外,还有一个通过MATLAB原生创建的用户界面(app1.mlapp)和安装包(Tumor_Extraction.mlappinstaller),用于辅助进行肿瘤提取操作。
  • Matlab-DeepBTSeg: DeepBTSeg
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    简介:DeepBTSeg是基于Matlab开发的一款用于肿瘤图像自动分割的深度学习工具。它采用先进的神经网络模型,旨在提高医学影像分析的准确性和效率。 DeepBTSeg提供了一个用户友好的图形界面(GUI),使用户能够使用先进的深度学习模型进行脑肿瘤图像分割,而无需在本地计算机上安装复杂的软件和硬件。该存储库包含用于运行DeepBTSeg的Matlab代码。我们还提供了DeepBTSeg的可执行版本。 DeepBTSeg是在Matlab 2020b中开发的,并且可以在Matlab 2019b和Matlab 2020a下运行。建议在Matlab 2020b环境下使用该代码进行操作。 **用法** 有两种方法可以下载DeepBTSeg: - 下载并解压缩名为“DeepBTSeg存储库.zip”的文件到本地计算机。 - 如果操作系统是Linux或MacOS,可以通过命令行工具克隆GitHub上的相关仓库。然后,在MATLAB中打开该路径下的代码。 完成上述任一方法后,请在MATLAB中将当前工作目录设置为包含此存储库的路径,并运行DeepBTSeg的相关脚本段落件。
  • Matlab - 利Watershed算的脑检测: 脑...
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    这段代码利用MATLAB实现基于Watershed算法的脑部肿瘤自动分割。通过图像处理技术精准定位和区分肿瘤区域,为临床诊断提供有力支持。 MATLAB图像分割肿瘤代码采用分水岭算法进行脑肿瘤检测。此方法结合了分割和形态学运算的基本概念,在处理大脑MRI扫描图像以检测和提取肿瘤方面具有应用价值。我们的首要任务是创建一个程序,确保它能在较短的时间内完成计算并输出结果。在MATLAB中运行该代码时,请根据需要更改输入的图像目录路径,例如:I=imread(C:\Users\Manjunatha\Desktop\5.jpg);然后执行代码以开始处理指定的示例图像。
  • Unet的深度学习BraTS数据上的2D脑践(四类类)
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    本文详细介绍了一种基于Unet架构的深度学习方法,在BraTS数据集中进行二维脑肿瘤图像的精确分割,实现对肿瘤四种类别的有效区分和识别。 本项目是一个基于Unet的多尺度分割实战项目,包含了数据集、代码以及训练好的权重文件,并且经过测试可以直接使用。 **项目介绍:** 总大小为271MB。 该项目的数据集是BraTS 3D脑肿瘤图像切分而成的2D图片分割任务。在仅进行10个epoch的训练后,全局像素点准确度达到了0.97,miou(平均交并比)为0.53。进一步增加训练轮数可以提升性能。 **代码介绍:** - **【训练】** train脚本会自动执行,并且会在设定尺寸的0.5到1.5倍之间随机缩放数据以实现多尺度训练。此外,utils中的compute_gray函数将mask灰度值保存在txt文件中,并为UNET网络定义输出通道。 - **【介绍】** 学习率采用余弦衰减策略,在run_results文件夹内可以查看训练集和测试集的损失及iou曲线(由matplotlib库绘制)。此外,还保存了训练日志、最佳权重等信息。在训练日志中可以看到每个类别的miou、召回率、精确度以及全局像素点准确率。 - **【推理】** 将待预测图像放置于inference文件夹下,并直接运行predict脚本即可进行推理操作,无需设定额外参数。 具体使用方法请参考README文档。即使是初学者也可以轻松上手此项目。