
tif到raw的Matlab代码-血流分析:基于线扫描的方法
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简介:
本项目提供了一套使用MATLAB从tif格式图像转换为raw数据的代码,专为血流动力学研究设计。通过线扫描技术提取血管内血液流动信息,适用于深入分析生物医学影像中的血流特性。
该代码旨在通过重复的线扫描提取血流数据进行分析。
此过程分为两个步骤:
1. 在Matlab环境中从原始.tif格式的线扫描文件中读取并处理流速信息,然后将计算得到的速度值保存为.txt文件。
2. 使用Python对多个.txt结果文件中的合成速度测量数据进行进一步分析。
该代码使用了Kim等人以及Chhatbar和Kara的工作中的算法。为了运行这些算法,在Matlab 2016b版本中需要安装xxx、yyy和zzz工具箱(具体名称根据实际需求填写)。
原始的行扫描文件必须为.tif格式,并且每个文件需包含两个采集参数:行扫描的x体素大小(delx,单位是um/pixel)以及每次行扫描的速度(delt, 单位是ms/scan)。这些信息应已经通过斐济脚本bFolder2MapManager.v0.2_.py进行了预处理。
在执行Matlab代码前,请确保所有由上述斐济脚本生成的输出.txt文件都存放在包含原始.tif文件的同一文件夹内的oir_headers子目录中。
最后,您需要将当前工作路径设置为存放这些数据的正确位置。例如,在Matlab命令行输入如下语句:
cd /Users/(注意:此处仅举例说明,实际路径应根据您的具体情况填写)。
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