
关于NAMD的简要介绍
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简介:
NAMD是一款用于高性能计算的大分子动力学模拟软件。它能够高效地运行于多处理器计算机系统上,支持对生物大分子体系进行长时间尺度的动力学研究。
NAMD是一种用于大规模分子动力学模拟的高性能计算软件程序。它基于CHARMM、AMBER和X-PLOR力场,并且可以在各种并行计算机架构上运行,包括网络上的集群系统和个人电脑。
使用NAMD需要一些特定文件:
1. 配置文件:通常是一个参数文件(如input.namd),用于指定模拟的参数和设置。
2. 结构文件:描述分子系统的几何结构。常见的格式有pdb、psf等。
3. 力场参数文件:定义了原子间相互作用的能量函数,是进行准确模拟的基础。
这些文件共同构成了运行NAMD所需的基本配置环境。
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