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ASTRA Tomography Toolbox:一个高性能的开源MATLAB工具箱,用于执行2D和3D层析成像。

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简介:
请留意:ASTRA层析成像工具箱现已部署在http://www.astra-toolbox.com/。该工具箱由ASTRA-Vision联合开发,是一款专为执行二维和三维层析成像而设计的、高性能的GPU原语MATLAB工具箱。该项目由阿姆斯特丹安特卫普大学和CWI实验室研究组共同开展。它能够支持多种二维几何形状,例如平行几何和扇形几何,以及三维几何形状,包括平行几何和锥形束,并且都具备高度灵活的源/检测器定位功能。 此外,该工具箱提供了丰富的二维和三维算法集,涵盖了FBP、SIRT、SART和CGLS等技术。 值得一提的是,其基础的前向和反向投影运算均已实现GPU加速,并可以直接从MATLAB调用,从而极大地促进了构建全新算法的可能性。

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  • ASTRA Tomography Toolbox效GPU支持2D3DMATLAB
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    ASTRA Tomography Toolbox是一款基于MATLAB的开源软件包,专为在GPU上进行快速高效的2D和3D计算机断层扫描重建而设计。 ASTRA层析成像工具箱是一个高性能的GPU原语MATLAB工具箱,用于2D和3D层析成像。该工具箱由阿姆斯特丹安特卫普大学与CWI实验室的研究团队基于ASTRA-Vision联合开发。 它支持多种几何结构,包括二维平行和扇形束以及三维平行和锥形束,并且具有高度灵活的源/检测器定位功能。此外,还提供了大量算法供用户选择使用,如FBP、SIRT、SART及CGLS等2D与3D算法。 基本的前向投影和后向投影操作都经过GPU加速处理,在MATLAB中可以直接调用这些命令以支持新算法的设计开发工作。
  • Astra-ToolboxASTRA
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    Astra-Toolbox是一款专为层析成像设计的软件工具包,基于ASTRA平台,提供先进的图像重建算法和高性能计算支持。 ASTRA工具箱是一个高性能的GPU基元MATLAB和Python库,适用于2D和3D层析成像。我们支持2D平行束与扇形束几何以及3D平行束与圆锥形束,并提供高度灵活的源/检测器定位选项。该工具箱提供了大量算法供选择,包括FBP、SIRT、SART和CGLS等。 基本的前向和后向投影操作都经过了GPU加速处理,可以直接从MATLAB或Python中调用以支持新算法的设计与实现。用户可以在示例文件夹中找到相关的MATLAB和Python代码示例来帮助理解和使用工具箱的功能。 安装说明:在Windows系统上,请将mex和tools子目录添加到您的MATLAB路径,或将Python astra模块复制至您的Python site-packages目录。此外,您需要Microsoft Visual Studio 2015可再发行组件包;如果尚未安装此文件,则可以通过相应的渠道获取vc_redist.x64版本的程序进行安装。
  • Astra-Toolbox
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    Astra-Toolbox是一款专为科研人员和工程师设计的软件包,它提供了一系列用于图像处理与计算机断层扫描数据分析的强大功能。此工具箱支持多种算法及可视化技术,帮助用户轻松实现复杂的数据分析任务。 关于CT重建技术,现在有许多开源工具箱可供使用,这大大减少了研究算法的时间,并且在实际应用中非常方便。例如ASTRA工具箱就是一个很好的例子,它不仅支持二维、三维的图像重建功能,还可以利用GPU加速处理速度,并兼容MATLAB和Python编程环境以及Windows和Linux操作系统,适用于各种应用场景。 然而,在网络上关于该工具箱的信息并不多见,因此这里提供一些简单的介绍供参考。首先访问ASTRA Toolboox官网可以下载最新版本的工具箱。在不同环境中安装时需要注意不同的配置要求,比如在我的Windows下的Matlab环境下至少需要Visual Studio 2015和CUDA8.0来支持GPU加速等功能。 另外,该工具箱提供了丰富的案例学习材料,并且其文档部分详细解释了所有调用方式。对于投影对象、投影光束以及算法等方面的不同需求,都有相应的工具来进行初始化设置或重建图像等操作,通过研究这些实例可以快速掌握使用方法。
  • Toolbox Fast Marching:适2D3D中Fast Marching算法计算 - matl...
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    Toolbox Fast Marching是一款MATLAB工具箱,专为在二维和三维空间中高效实现快速行进(Fast Marching)算法而设计。它提供了强大的功能支持距离变换、最短路径规划等应用需求,适用于科研与工程开发领域。 Sethian (1996) 引入的 Fast Marching 算法是一种数值方法,能够求解 Eikonal 方程 |grad(D)|=P 的粘性解。水平集 {x \ F(x)=t} 可以被视为一个在速度 P(x) 下推进的前沿。所得到的距离函数 D 如果速度 P 为常数,则它表示从一组起点到各点的距离。Fast Marching 方法与用于图上最短路径搜索的 Dijkstra 算法类似,通过使用距离函数 D 的梯度下降方法,在各种设置(P 常数值下的欧几里德空间和 P 变化的加权黎曼流形)中可以提取出测地线的良好近似。关于 Fast Marching 方法的主要参考资料是 Sethian 撰写的《计算几何、流体力学、计算机视觉和材料科学中的水平集方法与快速行进方法》,该书由剑桥大学出版社于1999年出版,属于剑桥应用和计算数学专著系列,并且包含有关 3D 快速行进及其一些应用程序的良好评述。
  • BrainSpace: 神经连接组学数据集 - MATLAB
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    BrainSpace是一款开源MATLAB工具箱,专门设计用来处理与解析神经影像及连接组学中的复杂数据集,助力研究人员深入探索大脑结构与功能。 BrainSpace是一个轻量级的跨平台工具箱,主要用于宏观梯度映射以及神经成像和连接组水平数据的分析。当前版本支持Python和MATLAB这两种在神经成像和网络神经科学社区广泛使用的编程语言。该工具箱还包含多个地图功能,可用于探索性地分析与其他大脑衍生特征之间的梯度对应关系,并提供生成空间零模型的工具。
  • PyEIT:电阻抗Python
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    简介:PyEIT是一款专为电阻抗层析成像技术设计的Python工具包,提供了一套完整的数值模拟和图像重建解决方案。它支持研究人员进行高效的算法开发、仿真测试及临床应用探索。 感谢您对pyEIT的关注! pyEIT是一个用于电阻抗层析成像(EIT)的基于Python的开源框架。 该框架的设计理念是模块化、极简主义、可扩展性和面向对象编程。 1. 简介 1.1 依赖关系 必备 - numpy (已测试至版本:numpy-1.19.1) - scipy (已测试至版本:scipy-1.5.0) - matplotlib (已测试至版本:matplotlib-3.3.2) 可选 - pandas (已测试至版本:pandas-1.1.3,用于数据分析和处理) - vispy(在Python 3.8中因vispy失败) - 注意: pyEIT使用vispy进行三维网格的可视化。如果仅需二维EIT,则不需要此模块。 问题1:为什么选择vispy进行3D可视化? 答:PyEIT采用vispy来实现四面体结构的三维展示,若只需处理二维数据则无需该库的支持。Vispy具有最小化的系统依赖性,并且完全使用Python编写。用户仅需具备支持OpenGL的图形卡即可享受快速渲染体验。
  • TIGRE:迭代GPU重建
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    TIGRE是一款专为层析成像设计的开源软件工具箱,利用GPU加速技术实现高效的迭代重建算法,广泛应用于医学影像、材料科学等领域。 TIGRE是一个开源工具箱,旨在实现快速且准确的3D层析成像重建,适用于各种几何图形。该工具注重迭代算法的应用以提升图像质量,并针对GPU(包括多GPU)进行了优化加速处理。它结合了MATLAB或Python高级抽象与低级别CUDA性能的优势,从而确保既高效又易用。 TIGRE支持免费下载和分发:用户可以自由使用、修改、添加功能并进行共享。我们的目标是为“现成的”断层扫描社区提供广泛且易于使用的算法资源。我们希望通过鼓励和支持双方对TIGRE的贡献,在从事算法开发的技术人员与影像研究及临床医生之间建立更紧密的合作关系。 此外,随着新功能如运动补偿等不断加入,该工具箱的功能也在持续增强中。
  • 3D Merge:轻松将两幅2D3D简易 - 项目
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    3D Merge是一款开源软件,它能便捷地将两个二维图片合成一副三维效果的图像,让用户体验简单而神奇的图像处理过程。 这个简单的程序能够帮助您将两个从不同角度拍摄的2D图像合并为一个3D图像,并会自动调整大小。您只需指定要使用的图片即可。该程序支持并排和上下两种模式,但需要使用3D显示器才能查看最终效果。当您满意结果时,可以将其保存为jpeg、png、位图或tiff格式的文件。
  • Group ICAfMRI数据分
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    这是一个旨在促进功能磁共振成像(fMRI)数据集团独立成分分析(GrpI-ICA)研究的开源软件工具箱。它提供了一整套实用工具,以实现GrpI-ICA方法在神经科学中的广泛应用和深入理解。 ### 一致组独立成分分析(Group ICA)fMRI工具箱详解 #### 软件概述 **Consistent Group ICA for fMRI Toolbox** 是一款专为功能磁共振成像(fMRI)数据分析设计的开源软件,它实现了改进的一致性组ICA方法。旨在提高数据处理中的稳定性和可靠性。 - **主要功能**: 提供一种增强版的组独立成分分析技术,以更稳定的手段处理fMRI数据。 - **应用场景**: 适用于神经科学研究领域,特别是在需要大规模fMRI数据分析的情况下尤为适用。 - **技术基础**: 基于ICA(独立成分分析)的技术原理。这是一种无需事先假设的数据驱动方法,在没有明确科学模型时也能有效提取有意义的信息。 #### ICA 技术背景 **独立成分分析**(ICA) 是一种在神经科学研究中广泛应用的信号处理工具,其主要优势如下: - **无须预设**: 完全数据驱动的方法,不需要建立任何假设或模型。 - **灵活性高**: 适用于复杂的数据集,在缺乏明确科学模型时仍能发挥作用。 - **组水平分析**: 相较于个体层面的ICA,组级别的ICA更能反映群体特征,并解决了不同个体间数据匹配的问题。 **早期挑战**: - 初期研究主要集中在个别样本数据分析上。 - 组级ICA面临的主要难题是处理大数据集时的数据降维问题,尤其是在计算资源有限的情况下。 #### 软件核心技术与特点 该工具箱不仅改进了传统ICA方法的稳定性,并且适用于神经影像学领域特别是fMRI数据处理的需求: **技术特点包括:** 1. **图形用户界面**: 便于调整参数设置。 2. **多模式操作**: 支持命令行和GUI两种方式,适合批量任务处理。 3. **改进算法**: 经过多次ICA运行,并通过变更样本顺序及随机初始值来提高结果的稳定性。 4. **日志记录功能**:详细文档每次执行情况便于追踪与调试。 5. **稳定性评估**: 利用图表展示多轮ICA分析中稳定性的指标,帮助用户直观理解质量。 6. **成分排序**: 依据其稳定性对独立成分进行排名以简化后续的统计计算。 #### 软件设计与实现 **架构组成** - 包括参数配置界面、核心处理程序和结果查看等模块。 **具体实施细节:** 1. **图形用户界面(GUI)**: 使用MATLAB Guide创建,使设置输入更加便捷。 2. **核心处理程序**: - 数据预处理: 确定成分数量, 计算掩模(mask), 设置分组和降维参数等。 - 降低数据维度:采用PCA进行多次降维以减少计算负担并简化分析过程。 - ICA 分析:使用FastICA或Infomax算法执行独立成分的提取。 - 成分聚类与平均化: 多次运行后通过集群方法建立各成分间的对应关系,并求取平均值,从而提高结果稳定性。 3. **查看和浏览组件**: - 显示多轮ICA分析中的稳定度:利用相关性系数进行多元尺度展示(MDS)以可视化的方式展现不同组间的关系。 - 功能排序: 根据多次运行的结果对独立成分按其稳定性排名,便于后续统计计算。 - **开发环境** - 使用MATLAB版本7.1 - 总代码量约为9376行 **结论**: 通过提供一种高效且稳定的fMRI数据分析方法, Consistent Group ICA for fMRI Toolbox 对神经科学研究人员来说是一个强大的工具。利用此软件,科研人员能够更准确地解析大脑活动模式,并推动该领域的发展。
  • Prony Toolbox: PronyMATLAB
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    Prony Toolbox是一款基于MATLAB开发的工具箱,专为实现普朗尼分析而设计。它提供了便捷的功能来评估信号的指数衰减正弦分量,广泛应用于系统辨识和滤波器设计等领域。 Prony Toolbox 是一个用于执行 Prony 分析的图形用户界面工具。