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Distiller-NF:模块化Hi-C映射流程

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简介:
Distiller-NF是一款创新性的模块化Hi-C数据分析软件工具,旨在简化和优化基因组三维结构的研究工作流程。 蒸馏器 模块化的Hi-C映射管道用于可重现的数据分析。 distiller 管道旨在提供以下功能: - 将 Hi-C 分子的序列与参考基因组比对。 - 解析 .sam 对齐并使用 Hi-C 形成表单文件。 - 过滤 PCR 重复项。 - 构建 Hi-C 相互作用的配对矩阵。 安装 要求: - Java 8 - Singularity 或 Docker(后者应能够不带 root 特权运行) 要设置新项目,请在项目文件夹中执行以下命令: ``` $ nextflow clone open2cdistiller-nf . ``` 这将下载蒸馏器管道和配置文件。 然后: - 在 project.yml 文件中配置输入文件的位置和其他项目详细信息。 - 在 nextflow.config 配置其他参数。 - 使用 local 和 cluster 配置文件使用提供的硬件配置,或提供您自己的硬件配置以进行自定义设置。 根据您的需求启动蒸馏器: 默认的硬件设置是通过 .configslocal 文件实现的。

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  • Distiller-NFHi-C
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    Distiller-NF是一款创新性的模块化Hi-C数据分析软件工具,旨在简化和优化基因组三维结构的研究工作流程。 蒸馏器 模块化的Hi-C映射管道用于可重现的数据分析。 distiller 管道旨在提供以下功能: - 将 Hi-C 分子的序列与参考基因组比对。 - 解析 .sam 对齐并使用 Hi-C 形成表单文件。 - 过滤 PCR 重复项。 - 构建 Hi-C 相互作用的配对矩阵。 安装 要求: - Java 8 - Singularity 或 Docker(后者应能够不带 root 特权运行) 要设置新项目,请在项目文件夹中执行以下命令: ``` $ nextflow clone open2cdistiller-nf . ``` 这将下载蒸馏器管道和配置文件。 然后: - 在 project.yml 文件中配置输入文件的位置和其他项目详细信息。 - 在 nextflow.config 配置其他参数。 - 使用 local 和 cluster 配置文件使用提供的硬件配置,或提供您自己的硬件配置以进行自定义设置。 根据您的需求启动蒸馏器: 默认的硬件设置是通过 .configslocal 文件实现的。
  • SCM_4_couple_von.rar_动力分析_简的胞_胞_胞序_胞胞
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    本资源提供MATLAB胞映射的相关内容,包括理论介绍、编程实现及实例分析。下载包含的RAR文件内有详细的胞映射MATLAB程序代码和文档说明。 胞映射程序可用于计算胞映射方法,使用MATLAB编写。
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    简介:QtORM是专为Qt开发环境设计的对象关系映射(ORM)框架,它简化了数据库操作,允许开发者以面向对象的方式管理数据,提高了开发效率和代码可维护性。 Qt ORM(对象关系映射)是一种将数据库模型与C++对象进行绑定的技术,它使开发者能够以面向对象的方式操作数据库,而无需编写大量SQL语句。在Qt框架下,qtorm是一个实现ORM功能的库,为Qt开发者提供了一种简单直观的方式来交互各种数据库系统如SQLite、MySQL和PostgreSQL等。 Qt本身不包含内置的ORM功能,但qtorm项目填补了这一空白。通过使用qtorm,可以将数据库表映射成C++类,并将记录映射到这些类的对象上;字段则对应为对象中的成员变量。这使得处理数据库数据时能够像操作普通C++对象一样简单,大大提高了开发效率和代码可读性。 为了使用qtorm,需要包含必要的头文件并链接相应的库。例如,在使用SQLite的情况下: ```cpp #include target_link_libraries(your_project QtOrm Qt5::Sql) ``` 创建数据库模型是qtorm的核心步骤之一。假设有一个`User`类代表数据库中的`users`表,定义如下所示: ```cpp class User : public QObject { Q_OBJECT Q_PROPERTY(QString name READ getName WRITE setName NOTIFY nameChanged) Q_PROPERTY(int age READ getAge WRITE setAge NOTIFY ageChanged) public: User(QObject *parent = nullptr) : QObject(parent) {} QString getName() const { return m_name; } void setName(const QString &name) { m_name = name; emit nameChanged(); } int getAge() const { return m_age; } void setAge(int age) { m_age = age; emit ageChanged(); } signals: void nameChanged(); void ageChanged(); private: QString m_name; int m_age; }; ``` 然后,需要为这个类生成数据库映射元数据,通常通过宏`Q_OBJECT_MAP`完成: ```cpp Q_OBJECT_MAP(User) { AUTO_MAP(id, &User::m_id, QVariant::Int); AUTO_MAP(name, &User::m_name, QVariant::String); AUTO_MAP(age, &User::m_age, QVariant::Int); } ``` 一旦模型建立好,就可以使用qtorm提供的API执行CRUD(创建、读取、更新和删除)操作。例如,添加一个新用户: ```cpp User user; user.setName(John Doe); user.setAge(30); QtOrm::Session session; session.add(user); session.saveChanges(); ``` 读取数据也非常简单: ```cpp auto users = session.createQuery().all(); for (const auto &user : users) { qDebug() << Name: << user.getName() << , Age: << user.getAge(); } ``` qtorm还支持更复杂的查询,如过滤、排序和连接操作。这些功能通过构建查询表达式完成,使在Qt应用中处理数据库变得灵活高效。 作为Qt的一个扩展库,qtorm提供了强大的ORM功能,让开发者可以专注于业务逻辑而不是数据库操作的细节上;这极大地提升了开发体验及代码质量。它广泛的数据库支持也使得其成为解决Qt项目中的数据问题的理想选择。
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