余弦相似度计算，使用Matlab代码（cosineSimilarity）：用于评估隔间之间的相似性。

简介：
该余弦相似度计算的MATLAB脚本，旨在从免疫数据库中检索数据，并进而计算不同特征样本间的余弦相似度。具体而言，脚本将根据用户指定的参数，从数据库中提取相关数据，并以此计算样本之间的相似性。 例如，通过执行 `bash calCosSim.sh -dlp11 -sD207 -ftissue -t20` 命令，可以计算来自数据库lp11的受试者D207的组织样本之间的余弦相似度，仅考虑在至少一个组织中存在至少20个实例的克隆。请注意，在使用脚本前，您需要具备访问数据库的权限，并在security.cnf文件中替换您的用户名和密码。 我们定义克隆大小为独特突变序列的数量以及在不同测序文库中发现的所有相同独特序列的不同实例的总和。这种结合了突变序列数量和实例多样性的混合克隆大小度量被命名为“唯一序列实例”。此外，当评估两个隔间之间的重叠程度或缺失重叠时，确保对整个场景具有足够的覆盖范围至关重要。