
KRAIT:一种超快的全基因组调查工具,适用于微卫星和引物设计
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简介:
KRAIT是一款快速高效的软件工具,专门用于全基因组范围内的微卫星识别与引物设计,助力遗传学及分子生物学研究。
Krait:微卫星研究和引物设计目录
介绍:
Krait是一款功能强大且超快速的工具,具有用户友好的图形界面,用于全基因组范围内的微卫星研究,旨在克服现有可用工具的局限性。
特点:
- 用Python编写,在Windows、Linux或Mac系统上作为独立桌面应用程序运行无需依赖。
- 微卫星搜索引擎使用C语言编写,并编译为Python模块以导入到Krait中。
- 特征包括确定完美的SSR(简单序列重复)、识别不完善的SSR(iSSR)和化合物SSR(cSSR),从超大型基因组鉴定VNTR,在基因编码区定位SSR。
- 支持统计分析与绘图,支持gzip压缩的fasta作为输入文件,并能导出FASTA、GFF3或CSV格式的数据。同时可以从NCBI数据库下载DNA序列。
Krait为微卫星设计提供了一个全面的支持系统和入门级工具。
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