CAFE5：CAFE系统发育软件第五版

简介：
CAFE5是最新版本的CAFE系统发育软件，用于分析基因家族进化中的扩张与缩减模式。它基于先进的统计模型，为生物信息学研究提供强大的工具支持。 咖啡店基因家族进化计算分析软件CAFE旨在通过解释系统进化史并为进化推论提供统计基础来研究基因家族大小的变化。该程序利用生与死过程模拟用户指定的系统发育树中的基因增减，以此生成家庭规模分布，从而评估观察到分类单元之间家庭规模差异的重要性。 此存储库包含的是CAFE 5代码，它是对原代码库的重大更新版本。相较于前一版，CAFE 5新增了一些功能，并保留或改进了先前版本的可用性特征。 最初的统计框架和算法由Hahn等人提出（2005年），随后被De Bie等人的团队在CAFE软件包中实现（2006）。之后，在CAFE v2.0版，包括针对输入树的不同分支指定不同λ值的功能更新。而到了CAFE v3.0版本，则是对这一系列工作的重大升级和重写（Han等人， 2013年）。