分子动力学namd 2.7

简介：
NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是一种在大型并行计算装置中高效地模拟复杂分子系统的方法。该程序采用经验势场，如Amber、CHARMM和Dreiding模型，并通过数值求解运动方程来计算原子轨迹。[1] 软件的适用范围包括： 1. 模拟体系的尺度可涵盖微观、介观或跨尺度等不同层次的研究需求。其中，在微观层面进行模拟时，NAMD能够支持数千个CPU同时运行，单机环境下也能快速完成运算任务。模拟系统通常包含10,000至1,000,000个原子数量的体系。 2. 该软件属于全原子模型的MD方法，并发性处理能力出色，在单机环境下运行效率也很高。此外，程序还支持简并态模拟（CGMD）。 3. 在研究领域方面，NAMD主要用于探索蛋白质、核酸以及生物膜系统等复杂分子体系的动力学特性。适合该软件使用的用户背景最好是具有相关专业背景的科研人员或学生。 4. 软件的核心理论基础是经典的方法，并发性计算能力突出。但需要用户对分子动力学有一定的理解。 5. 计算模块独立于建模与数据解析功能，程序运行依赖专业的可视化工具VMD进行辅助分析。此外，该软件的开发团队也负责了可视化工具VMD，实现了与NAMD无缝对接。