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AutoDock-Vina：AutoDock Vina工具

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简介：
AutoDock-Vina是一款用于分子对接的强大开源软件，它能够预测小分子与生物大分子之间的相互作用方式和结合能力。 AutoDock Vina 是一个快速且广泛应用的开源对接引擎之一。它是一个集成式的计算对接程序，基于简单的评分功能以及高效的梯度优化构象搜索算法设计而成。该软件最初由分子图形实验室的博士 Oleg Trott 设计并实现，并现由斯克里普斯研究所 Forli 实验室维护和开发。 AutoDock Vina 具有以下特点： - 支持 AutoDock 4.2 和 Vina 的评分功能，可以同时对接多个配体； - 提供批处理模式以进行虚拟筛选； - 支持大环分子的对接操作； - 包含水合对接协议，可编写和加载外部 AutoDock 映射文件； - 具备 Python 3 绑定。 AutoDock Vina 根据 Apache 许可证版本 2.0 发行。有关文献资料、安装说明及教程，请参考官方文档或相关资源。

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  • AutoDock-Vina：AutoDock Vina工具
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    AutoDock-Vina是一款用于分子对接的强大开源软件，它能够预测小分子与生物大分子之间的相互作用方式和结合能力。 AutoDock Vina 是一个快速且广泛应用的开源对接引擎之一。它是一个集成式的计算对接程序，基于简单的评分功能以及高效的梯度优化构象搜索算法设计而成。该软件最初由分子图形实验室的博士 Oleg Trott 设计并实现，并现由斯克里普斯研究所 Forli 实验室维护和开发。 AutoDock Vina 具有以下特点： - 支持 AutoDock 4.2 和 Vina 的评分功能，可以同时对接多个配体； - 提供批处理模式以进行虚拟筛选； - 支持大环分子的对接操作； - 包含水合对接协议，可编写和加载外部 AutoDock 映射文件； - 具备 Python 3 绑定。 AutoDock Vina 根据 Apache 许可证版本 2.0 发行。有关文献资料、安装说明及教程，请参考官方文档或相关资源。
     
  • Autodock Vina软件
    优质
    AutoDock VINA是一款用于分子对接的强大且灵活的开源软件工具，广泛应用于药物设计和蛋白质工程领域。 Autodock Vina软件非常好用，计算也很方便。
     
  • Autodock-Vina与视频教学.rar
    优质
    本资源包含Autodock-Vina软件使用教程及配套视频讲解，帮助用户快速掌握分子对接技术，适用于药物设计和生物信息学研究。 Autodock-Vina在Autodock的基础上开发，采用了多线程任务模式，提高了运算速度，并提供了一个简单的官网教学视频供用户学习使用。
     
  • 批量进行 Autodock Vina 分子对接
    优质
    本项目介绍如何使用Autodock Vina软件进行大规模分子对接计算，旨在优化药物设计流程，提高虚拟筛选效率。 分子对接是生物计算领域中的一个重要技术，用于预测小分子（如药物候选物）如何与大分子（如蛋白质）结合，在药物设计和发现中至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件，能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象，并评估其结合亲和力。 在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina及相关工具包时，请确保系统是最新的，通过`sudo apt-get update`更新包列表。接着安装必要的依赖项，包括图形库、Python库等。下载并解压Autodock Vina及MGLTools（一套用于处理分子数据的辅助工具）。 创建一个目录存放这些软件，并按照以下步骤进行安装： 1. 安装Open Babel，这是一个多格式化学转换工具。 2. 解压并安装Autodock Vina二进制文件。 3. 使用`python install.py`脚本安装MGLTools。 4. 修改vina.sh脚本设置环境变量以包含Autodock Vina和MGLTools的路径。 5. 预处理受体和配体分子，使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本将其转化为Autodock Vina可读格式。 6. 使用配置文件conf.txt控制参数运行vina进行对接任务。 7. 输出结果通常为pdbqt格式，并可以进一步转换成其他格式如sdf以方便后续分析。 Slurm（Simple Linux Utility for Resource Management）是一种广泛使用的集群作业调度系统，特别适合高性能计算环境。安装和配置Slurm时，请先安装必要的库文件，包括munge服务进行安全身份验证。 启动munge服务并确保其正常运行后，再安装slurm-wlm、slurmd及slurmctld组件。 编写定义集群拓扑、资源分配策略等的`slurm.conf`文件，并根据实际硬件配置和需求调整。例如，指定节点名称、数量以及每个节点上的核心数、内存大小与网络设置。 完成这些步骤后启动Slurm服务： 1. 启动slurmctld（控制器）服务。 2. 启动slurmd（节点）服务。 至此，Autodock Vina和Slurm已安装并配置完毕，在Slurm调度系统上可以批量运行分子对接任务以有效利用集群计算资源，并提高研究效率。
     
  • 使用Python进行Autodock Vina多对多分子对接结果的筛选及热图绘制
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    本研究利用Python编程语言自动化处理并分析Autodock Vina软件生成的大规模分子对接数据，通过开发算法筛选有效配体，并基于Matplotlib库创建热图展示关键信息。 请大家注意，在我的热图代码中使用的是txt文件倒数第10行的数据。如果你们的txt对接结果中有Writing output ... done.这句话，请用记事本打开py文件，将`for i in f.readlines()[-10]` 改为 `for i in f.readlines()[-9]`，这样才能确保最上面的对接结合能是正确的。 另外，我已经对数据进行了筛选，只保留了结合能小于-7.0的数据。如果不需要这个筛选条件，请去掉以下这行代码： ``` df = df.loc[df[affinity] < -7.0] ```
     
  • AutoDock Tools
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    AutoDock Tools是一款用于准备和编辑输入文件、分析结果输出的强大软件工具包，特别适用于AutoDock程序进行分子对接研究。 用于模拟的工具可以与Autodock结合使用来进行分子与小分子的对接研究。
     
  • Autodock的安装
    优质
    本教程详细介绍了如何在不同操作系统中安装Autodock软件的过程，帮助用户顺利完成分子对接模拟的前期准备。 Autodock安装指南将帮助你顺利完成这款软件的安装，用于大分子对接。
     
  • AutoDock-GPU：针对GPU及其他加速器的AutoDock版本
    优质
    AutoDock-GPU是一款专为GPU和其他加速硬件设计的高效分子对接软件。它基于著名的AutoDock程序开发，旨在通过利用现代计算平台的强大功能来显著提升药物设计和生物化学研究中的虚拟筛选效率。 AutoDock-GPU 是 AutoDock 4.2.6 的加速版本，适用于 GPU 和其他加速器，并利用 OpenCL 和 CUDA 技术进行优化。通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿态，它能够高效地执行其令人尴尬的可并行 LGA（局部几何逼近）。OpenCL 版本是与 TU-Darmstadt 合作开发的，支持 CPU、GPU 和 FPGA 架构；CUDA 版本则是 NVIDIA 的合作成果，在 Oak Ridge 国家实验室 (ORNL) 峰会上展示了性能优势。该版本包含了 Jubilee Development 公司 Aaron Scheinberg 开发的批量配体管线，并采用基于梯度的局部搜索方法（例如 ADADELTA）以及改进版 Solis-Wets 方法来加速 AutoDock 4 的运行效率。
     
  • AutoDock与MGLtools1.5.6-Windows版.rar
    优质
    该压缩文件包含AutoDock和MGL工具集1.5.6的Windows版本安装包。AutoDock用于分子对接研究，MGL工具集提供图形用户界面支持及格式转换功能。 本软件为蛋白对接软件的Windows版本，包含了AutoDock对接软件和Autodocktools对接视图软件。
     
  • AutoDock分子对接指南手册
    优质
    《AutoDock分子对接指南手册》是一本详细指导用户如何使用AutoDock软件进行药物设计中关键步骤——分子对接操作的手册。它不仅涵盖了基础理论知识，还提供了丰富的实践案例和技巧分享，帮助研究人员高效掌握这一技术，加速新药研发进程。 这是一份非常不错的分子对接教程，内容形象易懂。