D-PPIN：动态的蛋白质互作网络数据集

简介：
D-PPIN是涵盖多种生物条件下动态变化的蛋白质相互作用数据库，为研究蛋白质在不同生理状态下的功能提供了重要资源。 密码D-PPIN是一个动态网络数据集，包含12个不同的酵母细胞动态蛋白质-蛋白质相互作用网络。在每个动态网络（例如Krogan_LCMS）中，节点代表编码蛋白质的基因，边则表示特定时间点上的蛋白质间相互作用，并且每条边都带有相应的时间戳记（如node_u, node_v, 时间戳记, 权重）。构建D-PPIN的过程需要两个主要组件：首先是静态蛋白质-蛋白质相互作用网络；其次是该静态网络中每个蛋白随时间变化的基因表达值序列。通过分析这些主动和共表达的蛋白质，可以构造出动态网络。 简而言之，论文《Tu BP, Kudlicki A, Rowicka M, McKnight SL. 酵母代谢周期中的逻辑：细胞过程的时间间隔》提供了用于构建D-PPIN所需的静态网络及酵母瞬时基因表达数据。