
PyEntrezId:将Ensembl、UniProt和HGNC ID转为Entrez基因ID
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简介:
PyEntrezId是一款Python工具,用于便捷地将Ensembl、UniProt和HGNC数据库中的基因标识符转换成对应的Entrez基因ID。
PyEntrezId 是一个Python软件包,用于在各种基因或蛋白质ID之间进行转换。
概括:
这是我发布的第一个程序包。任何反馈都将不胜感激!我希望该项目可以作为初学者的示例,展示如何构造编码简单的生物信息学工具。
我创建此程序包的原因是需要一个简单工具,在标识基因、蛋白质等的不同ID系统间进行转换。这很重要,因为不同的科研机构(如NIH、EMBL)托管的数据有时采用不同命名法来描述相同的事物。
快速开始:
```
$ pip install --upgrade pyEntrezId
```
例子:
将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID
```python
from PyEntrezId import Conversion
EnsemblId = ENST00000407559
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