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PyEntrezId:将Ensembl、UniProt和HGNC ID转为Entrez基因ID

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简介:
PyEntrezId是一款Python工具,用于便捷地将Ensembl、UniProt和HGNC数据库中的基因标识符转换成对应的Entrez基因ID。 PyEntrezId 是一个Python软件包,用于在各种基因或蛋白质ID之间进行转换。 概括: 这是我发布的第一个程序包。任何反馈都将不胜感激!我希望该项目可以作为初学者的示例,展示如何构造编码简单的生物信息学工具。 我创建此程序包的原因是需要一个简单工具,在标识基因、蛋白质等的不同ID系统间进行转换。这很重要,因为不同的科研机构(如NIH、EMBL)托管的数据有时采用不同命名法来描述相同的事物。 快速开始: ``` $ pip install --upgrade pyEntrezId ``` 例子: 将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID ```python from PyEntrezId import Conversion EnsemblId = ENST00000407559 # 包括你的电子邮件地址

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  • PyEntrezIdEnsemblUniProtHGNC IDEntrezID
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    PyEntrezId是一款Python工具,用于便捷地将Ensembl、UniProt和HGNC数据库中的基因标识符转换成对应的Entrez基因ID。 PyEntrezId 是一个Python软件包,用于在各种基因或蛋白质ID之间进行转换。 概括: 这是我发布的第一个程序包。任何反馈都将不胜感激!我希望该项目可以作为初学者的示例,展示如何构造编码简单的生物信息学工具。 我创建此程序包的原因是需要一个简单工具,在标识基因、蛋白质等的不同ID系统间进行转换。这很重要,因为不同的科研机构(如NIH、EMBL)托管的数据有时采用不同命名法来描述相同的事物。 快速开始: ``` $ pip install --upgrade pyEntrezId ``` 例子: 将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID ```python from PyEntrezId import Conversion EnsemblId = ENST00000407559 # 包括你的电子邮件地址
  • 用户IDUID.zip
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    用户ID转UID.zip是一款实用工具软件,帮助用户快速便捷地将各种平台上的用户标识符转换为统一的UID格式,方便数据管理和分析。 用户id转uid.zip
  • 于Qt的CAN IDPGN工具
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    基于Qt的CAN ID转PGN工具是一款采用Qt框架开发的应用程序,旨在为用户提供便捷地将汽车网络中的CAN标识符转换成参数组格式(PGN)的功能。该工具不仅界面友好、操作简单,还能够有效帮助工程师和研究人员在车联网领域进行高效的数据分析与调试工作。 我制作了一个将CAN ID转换为PGN的小工具,并附上了源代码。这个小工具经过实际测试证明有效,它是基于Qt开发的。
  • 隐藏IDID移除.zip
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    本工具为一款便捷实用的数据处理软件《隐藏ID的ID移除》,能够帮助用户快速有效地从文件、文本或数据库中识别并删除敏感的个人身份信息(ID),保护隐私安全。 移除文件“隐藏id.zip”中的ID信息。
  • TCGA RNA-seq数据ID
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    本工具提供从基因组数据联盟(TCGA)获取的RNA测序(RNA-seq)数据中不同标识符之间的高效转换服务,助力研究人员深入分析肿瘤相关转录组信息。 TCGA(The Cancer Genome Atlas)是美国国家癌症研究所(NCI)与人类基因组研究所(NHGRI)共同发起的一项大规模项目,旨在通过基因组测序揭示不同类型癌症的遗传变异,并为癌症研究和治疗提供重要数据支持。在该项目中,RNA-seq技术对于理解基因表达水平、发现新型转录本及新基因以及深入解析癌症生物学过程至关重要。 进行TCGA RNA-seq数据分析时,通常需要将基于ENSEMBL RNA ID的数据转换成更易读的gene symbol(基因符号)。这一过程中,可以利用多种生物信息学工具或数据库来实现ID转换。文中提到了几个关键资源:sangerbox在线ID转换器、R语言中的org.Hs.eg.db包以及人类基因命名委员会(HGNC)数据库。 Sangerbox ID转换器是一款便捷的在线工具,能够迅速将mRNA的ENSEMBL RNA ID转化为gene symbol。然而,它主要适用于mRNA数据,在处理非编码RNA如miRNA或lncRNA时效果可能不佳。 org.Hs.eg.db包是R语言中Bioconductor项目的一部分,包含大量人类基因注释信息,并可用于转换ENSEMBL RNA ID为gene symbol。不过文中提到使用此工具时常会遇到匹配不准确的情况,可能是由于数据库本身的信息局限性或操作不当所致。 HGNC数据库作为官方的人类基因命名和符号分配资源库,则提供了更为全面的基因相关信息,包括别名等额外信息。与org.Hs.eg.db包相比,在利用该数据库进行ID转换时可以得到更多且准确的结果:文中提到使用HGNC数据库能够成功转换36978个ENSEMBL ID,而使用org.Hs.eg.db包只能处理24125个。 实际操作中,作者通过R语言代码实现了TCGA肝癌RNA-seq数据的ID转换。首先利用data.table包读取原始数据,并结合HGNC数据库和org.Hs.eg.db的数据进行一系列函数调用完成ID转换工作。在此过程中还特别强调了文件整理与合并的重要性。 最终结果被输出至名为liver_FPKM.txt的新文件中,而文中提到的“黄色部分”可能指的是关键步骤或代码段落。作者采用韦恩图来直观展示并比较两种工具(HGNC和org.Hs.eg.db)在ID转换上的表现差异及其各自的优缺点。 总的来说,在TCGA RNA-seq数据处理时需要根据具体需求选择合适的生物信息学资源,包括Sangerbox ID转换器、R语言中的org.Hs.eg.db包以及人类基因命名委员会(HGNC)数据库等工具来完成有效的ID转换工作。
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